Akuarium ini memamerkan kehidupan biologi laut di terumbu karang, laut dalam, dan arus Kuroshio yang mengalir melintasi Kepulauan Jepang. Dari keseluruhan 77 tangki akuarium,tangki terbesar disebut Akuarium Laut Kuroshio yang dapat menampung 7.500 m³ air (panjang 10 m, lebar 35 m, kedalaman 27 m), atau setara dengan kapasitas tiga kolam renang ukuran Olimpiade.
Dari balik kaca akrilik dinding akuarium berukuran tinggi 8,2 m, lebar 22,5 m, tebal 60 cm, dan berat 135 ton, pengunjung dapat menyaksikan sejumlah 70 spesies ikan, di antaranya ikan hiu paus, hiu, dan pari manta sebagai atraksi utama. Akuarium lainnya di Laboratorium Riset Hiu berisi hiu banteng dan hiu harimau.
Kelahiran pari manta yang kedua terjadi pada Juni 2008, diikuti kelahiran pari manta yang ketiga pada 24 Juni 2009. Keduanya merupakan pari manta kedua dan ketiga di dunia yang dilahirkan di dalam akuarium.